禪與唯識的關聯，是很多人意想不到的。他們認為：禪宗標榜不立文字，而唯識學則是精細的文字教理，二者展現出南轅北轍的風格。但以上的看法，其實是源自外觀的印象，並未觸及禪與唯識的實質。
達磨曾經告訴慧可：「吾觀震旦所有經教，惟《楞伽》四卷可以印心。」所以，《楞伽經》是禪宗所宗奉的根本經典，禪宗所謂「明心」「傳心」「印心」，其中的「心」，並不是指意識心，也不是前五識或末那識，而是《楞伽經》所說的藏識（第八識的別名）。
唯識宗所宗奉的經典，包括《華嚴經》《大乘密嚴經》《解深密經》《如來出現功德莊嚴經》《分別瑜伽經》《大乘阿毘達磨經》，其中正好也有《楞伽經》。既然所宗奉的經典相同，唯識與禪二者有關聯，就一點都不意外了！
《成唯識論》在解釋「由攝藏諸法，一切種子識，故名阿賴耶，勝者我開示」時，這麼說：
已入見道諸菩薩眾得真現觀，名為勝者，彼能證解阿賴耶識，故我世尊正為開示。或諸菩薩皆名勝者，雖見道前未能證解阿賴耶識，而能信解求彼轉依，故亦為說。非諸轉識有如是義。
這段論文說：「已入見道諸菩薩眾……彼能證解阿賴耶識。」（所以，要是寒山子能夠證解阿賴耶識，他就是一位大乘見道者、一位貨真價實的菩薩，不需要後人偽造文書為他作假證明。）又說：「諸菩薩……見道前未能證解阿賴耶識。」由於有見道前後涇渭分明的差別，可以明確了解大乘見道的內涵就是「證解阿賴耶識」。
《成唯識論》又說：「此第八識自性微細，故以作用而顯示之。」也就是說，第八識並不是我們可以直接觀察到的，而是必須透過祂在五蘊、十二處、十八界等三界萬法當中的作用，才能證明祂的存在。就好像電流是不可見的，但是透過電器的運轉，可以確知有電流的存在。此中所謂的作用，謂第八識能夠圓成世間、出世間一切法，萬法出生之後，第八識又作為萬法的所依（必須有第八識的存在與作用，萬法才能繼續存在與運轉）。
禪宗的不立文字，並不是它的宗旨，禪的宗旨是「直指人心」。也就是說，它是直接指出「心」的所在，而不是像經典那樣，以語言文字來描述「心」的體性。應注意的是，禪宗所謂的「明心」或者「開悟」，是指明白第八識心王而言，這相當於《成唯識論》所說的「證解阿賴耶識」。
若以現代語意學來說，語言文字的描述是「內涵」，語言文字所表達的具體事物，稱之為「外延」。例如，杯子的內涵是「喝飲料所用的開口容器」，其外延則是真正的杯子。我們如果剛開始學習外語，在字典裡面查一個名詞，其中的解釋就是內涵，內涵所指涉的具體事物，才是外延。如果一個外國人問我們：「什麼是『杯子』？」而旁邊正好有一個杯子，你可以直接指示給他看，讓他懂得真正的杯子，不必使用任何語言文字。如果那個外國人是自學中文，沒有人可以問，他只好去讀辭典的解釋，揣摩「喝飲料所用的開口容器」到底是什麼東西。他有可能錯把瓶子當成杯子。依靠內涵去尋找外延，往往會出錯，最好還是有過來人直接指示出來。
禪宗的直指人心，相當於直接指示「心」的外延。唯識典籍所述第八識的體性，則是第八識的內涵。如果只是要認明第八識的總相，禪宗的直指是最直捷了當的。因直指而開悟的前提，是必須參訪真悟的禪師。如果碰不到真悟的禪師，只好自己從經教當中去摸索而開悟，這就是所謂的「藉教悟宗」。在佛教史上，藉教悟宗的人少之又少，大多是參禪而悟。參禪而悟，其實就是依靠禪師的直指，而在蘊處界相上，找到不落蘊處界相的第八識。
雖說是「直指人心」，但是能夠因此便開悟的人，畢竟是極少數。所以如此，是因為「第八識自性微細」。第八識是在蘊處界萬法當中起作用，這個作用是獨立的，與蘊處界萬法有所區別。要明確地區別二者，並非易事。譬如，我們雖然可以從電器的運轉得知有電流的存在，但在做這種認識時，必須把電流的作用與電器本身區分開來。《金剛經》說：「凡所有相，皆是虛妄。若見諸相非相，則見如來。」意思是說，蘊處界萬法皆是虛妄，但是在當中可以看到離於蘊處界相而運作的第八識（第八識又稱為如來藏，經中往往稱之為如來）。
禪宗的傳法如果只有直指而不演說教理，要讓人開悟其實是很困難的，例如石鞏就曾經感嘆：「三十年，一張弓，兩隻箭，只射得半箇聖人。」因為他就是專門以機鋒直指，而不演說教理的禪師。像克勤、宗杲這樣法嗣眾多的禪師，都有「普說」。透過普說開示蘊處界萬法的虛妄無常，以及第八識的圓成實性，學人才容易因直指而當下悟入。禪師的普說，仍然是以語言文字演說的教理，一旦回歸教理，不可能比大乘經典高明。如果學人先前已經正確地理解經教，即使沒聽過普說，也可能在一個機鋒直指之下，豁然開悟。
直指的機鋒，如果是以語言的形式出現，是不能就語言的意義而去理解的。就此時而言，禪師的意圖只是透過蘊、處、界相而指出第八識。語言既是蘊、處、界相的一種，所以也可以直指。這時候語言本身的意義，完全是不相干的，所以禪師往往會有些難以理解的開示，例如趙州的「狗子無佛性話」，還有傅翕的「空手把鋤頭，步行騎水牛。人從橋上過，橋流水不流」。
禪師一旦以語言文字說法，他就是教門中的法師。唯識或般若經典有時也有直指（例如維摩詰居士的「一默如雷」），若是如此，就直指的部分而言，即是禪。實際上，不管是語言文字或是直指，所指涉的對象都是第八識心。指示的方法雖然大不相同，不能因此就說它們不相干。
就認明第八識總相而言，少部分的言語開示，再加上適時的機鋒直指，是最直捷了當的。一旦已經認明第八識總相，而要在第八識別相，乃至第八識所含藏的一切種子的功能差別上面作現觀，就必須依靠般若和唯識典籍了。據《成唯識論》的說法，唯識經典是佛陀為見道位以上的菩薩而宣說的，可見是證得第八識以後才有能力實修的，因此不能認為唯識只是繁瑣的哲學。唯識學是有實義的，它可以幫助見道位的菩薩通達一切種智，完全不可小看。